設置於竹南台南二處，主要功能區域為小動物飼養與實驗操作區、生物安全等級二感染動物飼養與實驗操作區、大動物飼養與實驗操作區、籠架清洗、滅菌區及行政區等。

　　動物飼代養服務開放國內研究人員申請使用，竹南院區潔淨區可飼養囓齒類､兔與犬，生物安全等級二感染區可飼養囓齒類與兔。台南院區潔淨區僅提供小鼠飼代養，生物安全等級二感染區可飼養小鼠或兔。

　　飼代養服務，從動物訂購､動物接收､動物照護､動物觀察､動物醫療等，採取全方位支援管理模式，有利於研究人員進場利用設施。

　　於2015年獲得「國際實驗動物管理評鑑及認證協會 (Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care International, AAALAC international) 」授予 「完全認證」 (Full Accreditation) ，積極支援國內生物醫學發展與實驗動物福利。